Należy mieć świadomość, że przy powodziach zawsze występuje zagrożenie epidemiologiczne. Może dochodzić do masowych zachorowań na czerwonkę, dur brzuszny, dury rzekome, żółtaczkę zakaźną, tężec i inne choroby zakaźne. Nie można wykluczyć zagrożenia cholerą, normalnie w Polsce zdarzającą się niezwykle rzadko. Choroba ta występuje endemicznie m.in. w Europie Wschodniej i może być sprowadzona do Polski przez nosicieli. Wywołujące ją bakterie Vibrio cholerae znajdują dobre warunki do rozwoju w brudnej nagrzanej słońcem wodzie i rozprzestrzeniają się na skutek złych warunków higienicznych.

Powódź stanowi ogromne zagrożenie dla zdrowia ludzi nie tylko w czasie jej trwania ale również po opadnięciu wody. Długotrwałe skutki powodzi są chyba nawet bardziej dotkliwe, niż samo zalanie. Kontakt ze szlamem, toksycznymi substancjami, produktami rozkładu materii organicznej może stwarzać poważne zagrożenie dla zdrowia. Występują schorzenia alergiczne z astmą włącznie, zatrucia pokarmowe, zakażenia przyranne a dodatkowo w wyniku ogólnego obniżenia odporności nasila się występowanie niespecyficznych zakażeń powodowanych przez drobnoustroje chorobotwórcze.

Ocenia się, że powódź w lipcu 1997 r. znacznie przekroczyła rozmiary wszystkich dotychczasowych powodzi, katastrofalnych nie tylko pod względem wielkości samego zjawiska lecz także pod względem szkód gospodarczych i społeczno moralnych. Oblicza się, że fala powodziowa w woj. katowickim i opolskim była najwyższa od 500 lat.

Bardzo ucierpiały na skutek powodzi zwierzęta w tym zwierzęta hodowlane z gospodarstw indywidualnych i wielkostadnych oraz zwierzęta wolno żyjące na polach i w lasach, a także zwierzęta przetrzymywane w ogrodach zoologicznych. Utonęło kilka tysięcy sztuk bydła, koni, trzody chlewnej oraz ponad milion sztuk drobiu. Zginęło także sporo zwierząt wolno żyjących, które nie zdążyły uciec z zalanych terenów. Ucierpiały zwierzęta przetrzymywane w ogrodach zoologicznych. W opolskim ZOO utonął hipopotam i zalane zostały akwaria, terraria i ptaszarnie. Wrocławskie ZOO obroniło się skutecznie jedynie dzięki ofiarnej postawie pracowników i mieszkańców miasta, w najczarniejszych scenariuszach liczono się z koniecznością odstrzelenia niedźwiedzi i innych szczególnie niebezpiecznych zwierząt, które nie mogły być ewakuowane.

Orientacyjny szacunek strat pogłowia zwierząt wynikłych na skutek powodzi w lipcu 1997 r. podaje poniższe zestawienie:

Trudno dokładnie określić straty wynikłe z zatopienia stawów hodowlanych, ale w samym woj. katowickim zostało zalanych 314 ha stawów - większość ryb hodowlanych zginęła w zatrutej wodzie. W woj. opolskim wyłowiono 5 ton śniętych ryb rzecznych. Duże straty ponieśli również pszczelarze, którym woda porywała całe pasieki.

Najtrudniejsze dla weterynarii zadania pojawiły się dopiero po powodzi. Powstał problem utylizacji kilku tysięcy ton zwłok zwierzęcych. Tylko do 1 sierpnia 1997 r poddano utylizacji pod nadzorem weterynaryjnym 2485 ton padłych zwierząt; w tym czasie zakopano ok. 2 ton zwłok drobnych zwierząt, część spalono. Do zadań służb weterynaryjnych województw oraz poszczególnych powiatów zagrożonych powodzią było wykonanie dezynfekcji na terenach zalanych i podtopionych po ustąpieniu wody. Powiatowe centra kryzysowe kierowane przez starostę, w porozumieniu ze służbami weterynaryjnymi opracowały plany ewakuacji zwierząt i ustalały miejsca ich bezpiecznego przetrzymywania.

Zagadnienie odkażania po powodzi jest niezwykle ważnym elementem walki człowieka z żywiołem. Władze sanitarne są zobowiązane do zapewnienia sprawnego systemu zaopatrzenia ludności w podstawowe środki dezynfekcyjne takie jak wapno chlorowane, chloraminę i podchloryn sodu, których niezbędne zapasy powinny być przechowywane w Centralnej Bazie Rezerw Sanitarno - Przeciwepidemicznych w Zduńskiej Woli. Pracownicy stacji sanitarno-epidemiologicznych powinni prowadzić fachowy instruktaż stosowania tych środków a także wykonywać dezynfekcję różnych obiektów, np. studni i innych ujęć wodnych, a następnie dopuszczać je do eksploatacji.

Szczególnie trudnym zadaniem jest szybka dezynfekcja budynków o dużej kubaturze takich jak hale sportowe, obiekty handlowe, szkoły, przedszkola itp. Firma Naturan wraz z współpracującymi z nią firmami i zespołem naukowym przygotowała środki i sprzęt umożliwiający wykonanie dezynfekcji aerozolowej budynków wielkopowierzchniowych z wydajnością dochodzacą do 8000 m na godzinę.